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附件2風(fēng)濕免疫隊(duì)列宏基因組測(cè)序服務(wù)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序服務(wù)等采購(gòu)項(xiàng)目技術(shù)要求一、風(fēng)濕免疫隊(duì)列宏基因組測(cè)序（一）測(cè)序平臺(tái)：Illumina（二）數(shù)據(jù)質(zhì)控：提供cleandata大于12G的測(cè)序數(shù)據(jù)。（三）分析內(nèi)容：（1）物種與功能注釋?zhuān)?）α多樣性分析（3）物種與功能組成分析（4）物種與功能比較分析（5）物種與功能差異分析（6）物種與功能貢獻(xiàn)度分析（7）WGCNA分析（8）KEGG功能富集分析等（四）云平臺(tái)分析：獨(dú)立知識(shí)產(chǎn)權(quán)在線云平臺(tái)分析系統(tǒng)，項(xiàng)目服務(wù)期內(nèi)需免費(fèi)使用。二、風(fēng)濕免疫隊(duì)列轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序（一）測(cè)序平臺(tái)：Illumina（二）數(shù)據(jù)質(zhì)控：針對(duì)樣品，完成RNA樣品常規(guī)RNA-seq，每個(gè)樣本通過(guò)Illumina平臺(tái)測(cè)序產(chǎn)生6Gb的cleandata。（三）分析內(nèi)容：（1）測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控（2）序列比對(duì)分析（3）功能注釋與查詢（4）表達(dá)量差異分析（5）功能富集分析（6）WGCNA分析（7）時(shí)序分析（8）GSEA分析（四）可視化云平臺(tái)：獨(dú)立知識(shí)產(chǎn)權(quán)在線云平臺(tái)分析系統(tǒng)，項(xiàng)目服務(wù)期內(nèi)需免費(fèi)使用。三、風(fēng)濕免疫隊(duì)列細(xì)菌三代16S測(cè)序（一）測(cè)序平臺(tái)：Pacbio（二）數(shù)據(jù)質(zhì)控：針對(duì)樣品，完成DNA提取、質(zhì)檢、建庫(kù)進(jìn)行pacbio平臺(tái)測(cè)序、每個(gè)樣本產(chǎn)生不低于3萬(wàn)條ccs。（三）分析內(nèi)容：（1）數(shù)據(jù)質(zhì)控（2）物種注釋與評(píng)估（3）物種組成分析（4）群落結(jié)構(gòu)分析（5）物種差異分析（6）環(huán)境因子關(guān)聯(lián)分析（7）隨機(jī)森林分析（8）功能預(yù)測(cè)分析等（四）云平臺(tái)分析：獨(dú)立知識(shí)產(chǎn)權(quán)在線云平臺(tái)分析系統(tǒng)，項(xiàng)目服務(wù)期內(nèi)需免費(fèi)使用。四、風(fēng)濕免疫隊(duì)列非靶代謝LC-MS分析（一）測(cè)序平臺(tái)：TripleTOF6600（二）數(shù)據(jù)質(zhì)控：正/負(fù)離子模式QC樣本總離子流圖（TIC）的比較、總體樣本主成分分析（PCA）、QC樣本相關(guān)性、總體樣本Hotelling‘sT2檢驗(yàn)、QC樣本的多變量控制圖（MCC）、QC樣本的相對(duì)標(biāo)準(zhǔn)偏差（RSD）（三）分析內(nèi)容：（1）代謝鑒定與定量分析（2）代謝差異表達(dá)分析（3）KEGG功能分析（4）MetPA富集分析（5）MIMOSA2分析（6）ROC診斷分析（四）可視化云平臺(tái)：獨(dú)立知識(shí)產(chǎn)權(quán)在線云平臺(tái)分析系統(tǒng)，項(xiàng)目服務(wù)期內(nèi)需免費(fèi)使用。五、風(fēng)濕免疫隊(duì)列色氨酸靶向代謝組學(xué)分析（一）測(cè)序平臺(tái)：LC-ESI-MS/MS（UHPLC-Qtrap6500）（二）數(shù)據(jù)質(zhì)控：相關(guān)系數(shù)R2>099，定量限信噪比（S/N）>10；各目標(biāo)物的穩(wěn)定性RSD均小于15%；線性范圍及檢出限：線性范圍涵蓋至少6個(gè)濃度點(diǎn)，R2>099；檢測(cè)限要求SN>3，定量限SN>10；日內(nèi)和日間精密度：日內(nèi)和日間精密度RSD<15%；回收率：回收率含低中高三個(gè)濃度點(diǎn)，80-120%，RSD<15%。（三）分析內(nèi)容：（1）表達(dá)模式聚類(lèi)分析（2）KEGG功能分析（3）代謝物通路相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖（4）多元統(tǒng)計(jì)分析（5）含量分布分析（6）ROC分析（四）云平臺(tái)分析：獨(dú)立知識(shí)產(chǎn)權(quán)在線云平臺(tái)系統(tǒng)，項(xiàng)目服務(wù)周期內(nèi)免費(fèi)使用六、風(fēng)濕免疫隊(duì)列Astral-DIA蛋白組測(cè)序（一）測(cè)序平臺(tái)：ThermoOrbitrapAstral（二）數(shù)據(jù)質(zhì)控：每個(gè)樣本提取獲總量不低于10ug，濃度不低于1ug/ul。單個(gè)樣品上機(jī)時(shí)間24min。（三）分析內(nèi)容：數(shù)據(jù)質(zhì)控：DIA質(zhì)控報(bào)告、QC樣本變異系數(shù)（CV）、內(nèi)標(biāo)iRT保留時(shí)間分析、半峰全寬、肽段長(zhǎng)度分布（2）蛋白功能注釋?zhuān)旱拓S度蛋白濃度注釋分析、組織特異性分泌注釋分析、亞細(xì)胞定位分析、結(jié)構(gòu)域注釋分析、GO功能注釋分析、COG功能注釋分析、KEGG功能注釋分析、轉(zhuǎn)錄因子分析等；（3）表達(dá)差異分析：統(tǒng)計(jì)表格、火山圖、聚類(lèi)分析、富集分析GO、KEGG、結(jié)構(gòu)域、亞細(xì)胞定位；（4）差異蛋白篩選和分析：GSEA分析、互作分析等；（5）DIA實(shí)驗(yàn)QC及樣本質(zhì)控：肽段長(zhǎng)度分布、內(nèi)標(biāo)iRT檢出分析、unique肽段數(shù)分布；（6）蛋白鑒定數(shù)量要求：合格樣品鑒定的蛋白數(shù)量不低于2000個(gè)。（7）激酶分析七、風(fēng)濕免疫隊(duì)列宏病毒組測(cè)序（一）測(cè)序平臺(tái)：DBNSEQT7（二）數(shù)據(jù)質(zhì)控：提供cleandata不低于6Gbp的測(cè)序數(shù)據(jù)量，且病毒數(shù)據(jù)比例不低于50%。（三）分析內(nèi)容：（1）數(shù)據(jù)質(zhì)量控制（2）宏病毒組數(shù)據(jù)組裝、病毒鑒定、病毒完整性評(píng)估（3）病毒物種分類(lèi)及宿主預(yù)測(cè)（4）病毒基因預(yù)測(cè)及基因功能注釋?zhuān)?）病毒組物種組成分析、功能組成分析（6）α多樣性分析（7）多元統(tǒng)計(jì)分析（PCA、RDA、PERMANOVA等）（8）差異病毒鑒定及宿主水平比較（9）病毒功能富集分析（10）其他宏病毒組個(gè)性化分析八、風(fēng)濕免疫隊(duì)列DNA甲基化組學(xué)測(cè)序（一）測(cè)序平臺(tái)：ILLUMINAISCAN基因芯片系統(tǒng)。（二）數(shù)據(jù)質(zhì)控：DNA亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化效率大于99%；CpG位點(diǎn)：大于935,000個(gè)。（三）分析內(nèi)容（1）數(shù)據(jù)質(zhì)控：包括質(zhì)控和標(biāo)準(zhǔn)化、批次矯正、密度曲線圖、箱式