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報價一覽表客戶名稱：云南省寄生蟲病防治所項目名稱：邊境地區(qū)不明原因發(fā)熱患者病原譜測序與分析采購項目項目編號：寄采申（2025）215號序號項目名稱報價規(guī)格參數(shù)數(shù)量單位報價品牌單價總價1宏基因組測序1*對樣本總DNA進行宏基因文庫擴建；2*使用IlluminaNovaSeq等主流測序平臺進行PE150雙端測序，得到大于10GCleanData數(shù)據(jù)量，數(shù)據(jù)質(zhì)量Q30＞85%，≥10Gcleandata數(shù)據(jù)/份，含云平臺數(shù)據(jù)分析；3*數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包括：1）采用Megahit等組裝軟件和方法對原始數(shù)據(jù)進行組裝，選擇最優(yōu)的組裝結(jié)果。2）基因集構(gòu)建：對組裝結(jié)果進行基因預測，并構(gòu)建非冗余基因集。有數(shù)據(jù)系統(tǒng)管理系統(tǒng)，支持數(shù)據(jù)靈活創(chuàng)建子集和分析，集成基于Reads集和Genes集數(shù)據(jù)。支持基于物種、功能、Contig類型等信息創(chuàng)建數(shù)據(jù)集；支持分組方案和命名方案靈活創(chuàng)建與管理；支持數(shù)值型和分類行因子表上傳與管理。3）物種注釋與基因功能注釋：GTDB數(shù)據(jù)庫進行物種注釋，在基因預測和構(gòu)建非冗余基因集的基礎(chǔ)上進行功能注釋(KEGG數(shù)據(jù)庫，eggNOG數(shù)據(jù)庫，GO數(shù)據(jù)庫，Swissprot數(shù)據(jù)庫，Pfam數(shù)據(jù)庫，Metacyc數(shù)據(jù)庫，Probio數(shù)據(jù)庫，QS數(shù)據(jù)庫，CARD/ARDB數(shù)據(jù)庫，MGE數(shù)據(jù)庫，TCDB數(shù)據(jù)庫，PHI數(shù)據(jù)庫，VFDB數(shù)據(jù)庫，CAZy數(shù)據(jù)庫，MCycDB/NCycDB/PCycDB/SCycDB數(shù)據(jù)庫注釋)。4）數(shù)據(jù)分析結(jié)果應包含物種注釋、物種分布情況（相對豐度、37樣本熱圖等）、樣本復雜度分析(AlphaDiversity指數(shù)計算與組間差異分析、稀疏曲線等)、多樣本比較分析(BetaDiversity、層次聚類分析、降維分析等)、統(tǒng)計檢驗（組間差異分析、群落結(jié)構(gòu)差異顯著性檢驗（Anosim和Adonis），組間差異物種分析）、關(guān)聯(lián)分析與模型預測（環(huán)境因子關(guān)聯(lián)分析、Network分析、隨機森林）和物種與功能一致性分析。5）抗性基因注釋:包括抗性基因豐度、基于抗性基因的Anosim分析、組間抗性基因數(shù)目差異分析、組間差異抗性基因、組間差異抗性基因的Lefse分析、抗性基因與物種歸屬關(guān)系。6）差異基因富集分析：含驗證數(shù)據(jù)中觀察到的差異目標基因是否在特定的功能或通路中顯著富集。差異基因火山圖/Venn圖、富集分析氣泡圖/柱狀圖/網(wǎng)絡(luò)圖及富集圈圖。7）ROC分析：包含受試者工作特征曲線（ROC），以真陽性率（靈敏度）為縱坐標，假陽性率為橫坐標繪制的曲線。8）提供數(shù)據(jù)分析服務：提供在線自主參數(shù)設(shè)置的云平臺分析，可對數(shù)據(jù)進行在線分析，且分析參數(shù)等可在云平臺上隨時調(diào)整?；虬从脩粢筇峁?shù)據(jù)分析服務。云平臺支持數(shù)值型、分類型臨床因子、理化指標等數(shù)據(jù)上傳，與微生物組數(shù)據(jù)進行聯(lián)合分析，分析內(nèi)容涵蓋自相關(guān)、方差膨脹因子、方差分解、層次分割、相關(guān)性分析、生存分析、中介分析等18項聯(lián)合分析內(nèi)容)。9）以上所有分析內(nèi)容都需要上云平臺，并出具云平臺上的截圖證明。4*送樣后，測序結(jié)果須在25個工作日內(nèi)返出，并提供原始下機數(shù)據(jù)。5*提供上門收取樣本服務，被委托方進行建庫、測序與分析。2宏轉(zhuǎn)錄組測序1*對樣本總RNA采用宏轉(zhuǎn)錄組方法構(gòu)建文庫，建庫時去除原核+動物+植物三種核糖體rRNA；2*基于IlluminaNovaSeq等主流測序平臺進行PE15037樣本雙端測序。得到大于10Gcleandata數(shù)據(jù)量，數(shù)據(jù)質(zhì)量Q30＞85%,10Gcleandata數(shù)據(jù)/份，含云平臺數(shù)據(jù)分析。3數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包括：1）采用Megahit等組裝軟件和方法對原始數(shù)據(jù)進行組裝，選擇最優(yōu)的組裝結(jié)果。2）提供宏轉(zhuǎn)錄組拼接序列、非冗余蛋白序列集和物種注釋結(jié)果。3）基因預測與注釋：物種注釋，GTDB數(shù)據(jù)庫注釋細菌古菌微生物，NCBI數(shù)據(jù)庫注釋真核微生物，RVDB數(shù)據(jù)庫注釋病毒。對重疊群序列，采用專門用于預測原核微生物和宏轉(zhuǎn)錄組基因序列的Prodigal軟件識別其中的開放閱讀框(ORF),并預測其中的編碼區(qū)域，從而獲得對應的基因序列文件，蛋白序列文件。4）蛋白序列功能注釋：對蛋白序列用多種常用數(shù)據(jù)庫進行功能注釋，獲得各等級的功能類群豐度譜，并進行功能組成分析、多樣性分析、差異分析等。提供包括物種分類、功能注釋、基因豐度分析等相關(guān)分析服務，使用適當?shù)臄?shù)據(jù)庫（(KEGG數(shù)據(jù)庫，eggNOG數(shù)據(jù)庫，GO數(shù)據(jù)庫，Swissprot數(shù)據(jù)庫，NCBI-nr數(shù)據(jù)庫，CAZy數(shù)據(jù)庫注釋等)5）數(shù)據(jù)分析結(jié)果應包含物種注釋、物種分布情況（相對豐度、熱圖等）、樣本復雜度分析(AlphaDiversity、稀疏曲線等)、多樣本比較分析(BetaDiversity、層次聚類分析、降維分析等)、統(tǒng)計檢驗（組間差異分析、組間群落結(jié)構(gòu)差異顯著性檢驗（Anosim和Adonis），組間差異物種分析）、關(guān)聯(lián)分析與模型預測（環(huán)境因子關(guān)聯(lián)分析、Network分析、隨機森林）和物種與功能一致性分析。6）差異基因富集分析：包含驗證數(shù)據(jù)中觀察到的差異目標基因是否在特定的功能或通路中顯著富集。差異基因火山圖/Venn圖、富集分析氣泡圖/柱狀圖/網(wǎng)絡(luò)圖及富集圈圖。7）功能差異分析：對各樣本所共有和獨有的功能類群進行分析。根據(jù)各樣本在各功能數(shù)據(jù)庫中注釋得到的底層功能單元的組成譜，使用R軟件計算共有、獨有類群的數(shù)量，并通過Venn圖直觀地呈現(xiàn)各樣本所共有和獨有的功能類群數(shù)量。8）提供數(shù)據(jù)分析服務：提供在線自主參數(shù)設(shè)置的云平臺分析，可對數(shù)據(jù)進行在線分析，且分析參數(shù)等可在云平臺上隨時調(diào)整?；虬从脩粢筇峁?shù)據(jù)分析服務。9）以上所有分析內(nèi)容都需要上云平臺，并出具云平臺上的截圖證明。4*送樣后，測序結(jié)果須在25個工作日內(nèi)返出。5*提供上門收取樣本服務，被委托方進行建庫、測序與分析。3擴增子測序1*使用IlluminaNovaseq等主流高通量測序平臺進行PE250測序；2*單樣本測序數(shù)據(jù)量（rawtags）為5萬條，單樣本交付數(shù)據(jù)量不少于承諾數(shù)據(jù)量的100％，要求原始數(shù)據(jù)Q30＞85%。3*對樣品進行16SrDNA測序、18SrDNA測序、ITS測序或標區(qū)域擴增測序等4*數(shù)據(jù)分析內(nèi)容包括：1）基本質(zhì)控：對原始數(shù)據(jù)進行去除接頭和低質(zhì)量reads的處理、根據(jù)Barcode和引物序列將數(shù)據(jù)拆分為不同樣品、去除嵌合體。2）標準信息分析：QIIME2流程，物種注釋（ASV聚類及物種注釋概況）、物種分布情況（相對豐度、分類樹、熱圖等）、樣本復雜度分析(AlphaDiversity、物種多樣性曲線等)、多25樣本