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采購(gòu)需求一、采購(gòu)標(biāo)需實(shí)現(xiàn)的功能或者目標(biāo)此次采購(gòu)項(xiàng)目為“多組學(xué)測(cè)序及其分析”，投標(biāo)人根據(jù)招標(biāo)文件所提出的技術(shù)規(guī)格和服務(wù)要求，綜合考慮技術(shù)、設(shè)備的適用性，選擇性價(jià)比高的技術(shù)、設(shè)備前來投標(biāo)。投標(biāo)人應(yīng)以完備的技術(shù)、先進(jìn)的設(shè)備、優(yōu)良的服務(wù)和優(yōu)惠的價(jià)格，充分突出自己的競(jìng)爭(zhēng)力。二、采購(gòu)標(biāo)的數(shù)量序號(hào)標(biāo)的名稱報(bào)價(jià)1單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（6樣本）2TCGA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（300樣本）3機(jī)器學(xué)習(xí)分析備注：本次標(biāo)的限價(jià)15萬元。三、采購(gòu)標(biāo)的內(nèi)容1技術(shù)要求11單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析1測(cè)序數(shù)據(jù)量：rawdata6G；單個(gè)樣本總數(shù)據(jù)量不低于所簽測(cè)序量的90%。1）GEO數(shù)據(jù)下載2）細(xì)胞質(zhì)控與可視化對(duì)單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控，并進(jìn)行UMAP/TSNE可視化，揭示照射前后細(xì)胞亞群的分布變化。3）干細(xì)胞亞群注釋與差異分析注釋干細(xì)胞，星形膠質(zhì)細(xì)胞，并進(jìn)行差異分析，識(shí)別照射前后干細(xì)胞亞群的差異基因。4）CD49F+細(xì)胞亞群分析注釋干細(xì)胞亞群，CD49F+細(xì)胞亞群，關(guān)注CD49F的星形膠質(zhì)細(xì)胞亞型，并進(jìn)行差異分析，重點(diǎn)關(guān)注照射前后CD49F+細(xì)胞亞群的差異基因和TFs。5）擬時(shí)序分析和交互分析對(duì)星形膠質(zhì)細(xì)胞和干細(xì)胞進(jìn)行擬時(shí)序分析，找到轉(zhuǎn)化各階段干細(xì)胞的標(biāo)志物基因，并關(guān)注TPT1的表達(dá)變化。構(gòu)建細(xì)胞之間的通訊網(wǎng)絡(luò)。膠質(zhì)細(xì)胞的細(xì)胞通訊分析。6）SCENIC分析分析不同發(fā)育階段轉(zhuǎn)錄因子活性變化，找到顯著活化的轉(zhuǎn)錄因子，并探討其與干細(xì)胞轉(zhuǎn)化的關(guān)系。7）GSVA分析補(bǔ)充GSVA分析，比較不同細(xì)胞亞群的功能差異，進(jìn)一步理解干細(xì)胞轉(zhuǎn)化的生物學(xué)過程。8）免疫細(xì)胞反卷積和轉(zhuǎn)錄組免疫浸潤(rùn)分析免疫細(xì)胞反卷積使用CIBERSORT或ssGSEA方法分析免疫浸潤(rùn)狀況。探究免疫細(xì)胞浸潤(rùn)與干細(xì)胞亞群之間的關(guān)系，分析其對(duì)干細(xì)胞功能的影響。使用CIBERSORT或ssGSEA等方法，分析轉(zhuǎn)錄組的免疫浸潤(rùn)狀況，明確出主要影響免疫細(xì)胞類型（巨噬細(xì)胞還是特征功能T細(xì)胞等）9）TPT1基因表達(dá)分析分析TPT1基因在照射前后不同時(shí)間點(diǎn)細(xì)胞亞群中的表達(dá)情況，并探討其作為干性轉(zhuǎn)化標(biāo)志物的可能性。10）生存分析對(duì)不同分組（干細(xì)胞亞型、星形膠質(zhì)細(xì)胞亞型、標(biāo)志物基因、轉(zhuǎn)錄因子）進(jìn)行生存分析，分析基因表達(dá)/關(guān)注細(xì)胞類型的比例與預(yù)后的關(guān)系。11）關(guān)鍵基因功能分析進(jìn)行GO/KEGG富集分析，探討關(guān)鍵基因在信號(hào)通路、代謝通路中的潛在作用。12）免疫細(xì)胞浸潤(rùn)分析構(gòu)建免疫細(xì)胞浸潤(rùn)的相關(guān)性和差異，探索腫瘤免疫微環(huán)境在高低風(fēng)險(xiǎn)組中的不同。計(jì)算hub基因和免疫細(xì)胞浸潤(rùn)之間的相關(guān)性。13）免疫檢查點(diǎn)基因分析分析高低風(fēng)險(xiǎn)組免疫檢查點(diǎn)基因的表達(dá)情況，并進(jìn)行TIP、TIDE和IPS分析，預(yù)測(cè)免疫治療的響應(yīng)性。14）藥物敏感性分析基于關(guān)鍵基因，使用藥物敏感性數(shù)據(jù)庫分析不同風(fēng)險(xiǎn)組對(duì)藥物的敏感性。Table1數(shù)據(jù)集信息匯總Table2關(guān)鍵亞群特征基因Table3關(guān)鍵基因GO/KEGG功能分析Table4GSEA富集分析Table5GSVA富集分析12TCGA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析1）TCGA數(shù)據(jù)下載2）數(shù)據(jù)整合分析3）關(guān)鍵基因功能分析，進(jìn)行GO/KEGG富集分析，探討關(guān)鍵基因在信號(hào)通路、代謝通路中的潛在作用。13機(jī)器學(xué)習(xí)分析1）模型構(gòu)建與驗(yàn)證利用機(jī)器學(xué)習(xí)篩選關(guān)鍵基因，構(gòu)建預(yù)后模型，并進(jìn)行驗(yàn)證分析。進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組驗(yàn)證要綜合選擇腫瘤細(xì)胞/腫瘤干細(xì)胞標(biāo)記物-關(guān)鍵TFs/Targetgenes的模式進(jìn)行預(yù)后相關(guān)性分析，已明確腫瘤（干）細(xì)胞關(guān)鍵基因?qū)︻A(yù)后的影響。2）模型對(duì)比分析與已發(fā)表的其他預(yù)后模型進(jìn)行對(duì)比，展示模型的性能優(yōu)勢(shì)和創(chuàng)新性。2商務(wù)要求21報(bào)價(jià)方式投標(biāo)報(bào)價(jià)為全包價(jià)，以人民幣為結(jié)算單位。包含招標(biāo)范圍內(nèi)的所有費(fèi)用、質(zhì)保期售后服務(wù)、全額含稅發(fā)票、所有應(yīng)向所有權(quán)人支付的專利權(quán)、商標(biāo)權(quán)或其它知識(shí)產(chǎn)權(quán)的一切相關(guān)費(fèi)用，合同實(shí)施過程中可預(yù)見和不可預(yù)見費(fèi)用等。22服務(wù)地點(diǎn)采購(gòu)人指定地點(diǎn)。23服務(wù)期限合同簽訂后1年。24結(jié)果驗(yàn)收1、投標(biāo)人將項(xiàng)目分析結(jié)果以“結(jié)題報(bào)告”的形式進(jìn)行交付，采購(gòu)人可查看對(duì)應(yīng)結(jié)題報(bào)告及圖表。2、投標(biāo)人將測(cè)序過程中產(chǎn)生的序列文件*fq（或*fa）和相關(guān)生物信息分析結(jié)果文件以云盤或網(wǎng)盤或移動(dòng)硬盤的形式交付。25違約責(zé)任與爭(zhēng)議處理1、成交供應(yīng)商所提供服務(wù)的質(zhì)量不符合采購(gòu)文件規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)的，采購(gòu)人有權(quán)在驗(yàn)收時(shí)予以拒收；因此產(chǎn)生的一切經(jīng)濟(jì)損失由成交供應(yīng)商承擔(dān)。2、如成交供應(yīng)商在合同規(guī)定的服務(wù)日期后仍未能提供服務(wù)或者未能全部提供服務(wù)，則視為成交供應(yīng)商不能履約，采購(gòu)人有權(quán)單方解除合同（以上以簽訂的成交合同為準(zhǔn)）。3、合同在履行過程中如發(fā)生糾紛，首先應(yīng)由雙方協(xié)商解決；如協(xié)商不能解決，任何一方均可向采購(gòu)人所在地人民法院提起訴訟，依法解決。26付款方式項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)由采購(gòu)人分期支付或全額支付給成交供應(yīng)商。具體支付方式如下：1、分期支付：合同簽訂的14個(gè)自然日內(nèi)，首期支付總金額的50%，項(xiàng)目驗(yàn)收完成后的30個(gè)自然日內(nèi)支付剩余50%。2、全額支付：項(xiàng)目驗(yàn)收完成后的30個(gè)自然日內(nèi)一次性支付全款。27售后服務(wù)1、投標(biāo)方需定期進(jìn)行項(xiàng)目進(jìn)展匯報(bào)，使采購(gòu)方及時(shí)掌握項(xiàng)目進(jìn)度。在項(xiàng)目進(jìn)展環(huán)節(jié)，提供實(shí)時(shí)且透明化的項(xiàng)目進(jìn)展情況反饋服務(wù)。2、截止采購(gòu)方發(fā)表本項(xiàng)目主體部分論文為止，投標(biāo)方需積極配合解決相關(guān)數(shù)據(jù)結(jié)果的問題并提出可行性建議。3、投標(biāo)方需配備至少2名相應(yīng)技術(shù)人員對(duì)項(xiàng)目做售前、售后的技術(shù)指導(dǎo)及支持，碩士學(xué)位及以上學(xué)歷，具有3年及以上相關(guān)工作經(jīng)驗(yàn)。4、投標(biāo)方需提供24小時(shí)售后服務(wù)，采購(gòu)方可通過官網(wǎng)、郵件、電話與相應(yīng)的技術(shù)人員溝通交流。對(duì)接方式不局限于：電話、郵件、微信群、騰訊會(huì)議、現(xiàn)場(chǎng)拜訪等。5、針對(duì)項(xiàng)目提出的相關(guān)問題，投標(biāo)方需2小時(shí)內(nèi)電話或郵件回復(fù)；雙方商定解決方案后，24小時(shí)內(nèi)給出進(jìn)展反饋。6、投標(biāo)方應(yīng)提供不少于一次的測(cè)序數(shù)據(jù)解讀相關(guān)技術(shù)培訓(xùn)，積極配合招標(biāo)方進(jìn)行后期樣本分析及樣本回溯，提供不少于2年的售后服務(wù)支持。7、投標(biāo)方應(yīng)詳細(xì)列出售后服務(wù)中心地址、電話、負(fù)責(zé)人和服務(wù)組織機(jī)構(gòu)。必須保證針對(duì)本項(xiàng)目有單獨(dú)建立的服務(wù)檔案，使用、維護(hù)情況必須得到完整的記錄，以保證提供的售后服務(wù)準(zhǔn)確、周到、及時(shí)。28保密義務(wù)1、保密內(nèi)容（包括技術(shù)信息和經(jīng)營(yíng)信息）：原始資料、技術(shù)路線、實(shí)驗(yàn)報(bào)告及與實(shí)驗(yàn)有關(guān)的資料結(jié)果及價(jià)格等采購(gòu)人在洽談及履行本合同過程中向成交供應(yīng)商披露的全部技術(shù)和經(jīng)營(yíng)信息和資料。2、涉密人員范圍：參與項(xiàng)目所有人員，需簽訂保密協(xié)議。3、保密期限：自合同生效日起2年。4、泄密責(zé)任：一切責(zé)任由泄密方承擔(dān)。5、供應(yīng)商不得自行將研究開發(fā)成果轉(zhuǎn)讓給第三人。