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基于單細胞和單細胞核轉錄組測序的生物信息學分析及數(shù)據(jù)處理采購要求研究目標：本項目需要進行大量的生物信息學分析及數(shù)據(jù)處理，在進行10x單細胞及單細胞核轉錄組測序檢測后，通過生信分析系統(tǒng)性地鑒定兩組樣本中的所有主要細胞大類及比例，基于配體-受體對數(shù)據(jù)庫，推斷并可視化主要細胞類型/亞型之間的潛在細胞通訊網(wǎng)絡，從而揭示前期研究過程中細胞互作的分子機制。技術要求：（1）基于單細胞和單細胞核轉錄組測序的生物信息學分析及數(shù)據(jù)處理測檢樣本數(shù)目≥6個樣本。樣本類型小鼠組織樣本。檢出有效數(shù)目在全基因組范圍內(nèi)篩選差異基因≥500個，小膠質細胞-星形膠質細胞差異性配體-受體、神經(jīng)元-小膠質細胞差異性配體-受體≥20對，尋找互作網(wǎng)絡。技術分析要求提供存儲原始數(shù)據(jù)材料，測序及分析過程中提供相關檢測報告針對細胞類型進行一級注釋與二級注釋，使用SCENIC分析關鍵細胞亞群中活躍的轉錄因子及其調(diào)控網(wǎng)絡，利用流行的CellChat和NicheNet進行系統(tǒng)的細胞間相互作用推斷，并對關鍵差異表達基因集進行GO、KEGG、Reactome等通路的富集分析，有云平臺進行后續(xù)項目內(nèi)容數(shù)據(jù)分析及個性化作圖。（2）質保服務即能力要求1質保：對樣本進行風險評估，明確實驗風險和相關后續(xù)售后方案。實驗階段：細胞/核懸液活性>80%，cDNA文庫濃度及片段分布符合預期，測序數(shù)據(jù)Q30>85%。生信階段：最終分析細胞數(shù)符合預期，雙細胞率<10%，線粒體基因比例在合理范圍（通常<20%），批次效應校正良好。2能力要求：（1）使用10xGenomicsChromium平臺（具體試劑盒版本，如X/3’），測序深度要求：單細胞轉錄組≥50,000reads/cell。提供標準化的文庫QC報告，提供詳細的質控指標。（2）使用Harmony,Seurat的CCA或Scanorama等方法對多個樣本、不同技術（scRNA-seq與snRNA-seq）的數(shù)據(jù)進行批次校正與整合。（3）利用流行的CellChat和NicheNet進行系統(tǒng)的細胞間相互作用推斷。（4）對關鍵差異表達基因集進行GO、KEGG、Reactome等通路的富集分析。（5）將差異表達基因與人類神經(jīng)系統(tǒng)疾病的遺傳風險基因（如來自GWAS數(shù)據(jù)庫）進行關聯(lián)分析，確保結果的可靠性。質保期限≥3年技術指導需求質保期內(nèi)，公司技術人員可完成工作時間內(nèi)不限次數(shù)線上個性化服務反饋與指導，公司需派遣技術人員不少于2次進行上門培訓，完成數(shù)據(jù)個性化分析方法建立與分析數(shù)據(jù)軟件操作應用的指導工作。公司能力要求公司開展過10x單細胞及單細胞核轉錄組生物信息學分析及數(shù)據(jù)處理技術服務，且在我校開展過單細胞轉錄組測序或單細胞核轉錄組測序及數(shù)據(jù)分析，相關項目結果在Nature、Cell、Science等高水平1區(qū)期刊發(fā)表論文。