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采購(gòu)需求一、采購(gòu)標(biāo)的1采購(gòu)標(biāo)的序號(hào)標(biāo)的名稱樣本量單價(jià)最高限價(jià)簡(jiǎn)要技術(shù)需求1空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序24例34500元/例根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定數(shù)據(jù)的空間位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。2空間代謝組學(xué)測(cè)序20例18100元/例提供從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、樣品檢測(cè)、數(shù)據(jù)分析一站式代謝組與16SrDNA測(cè)序整合分析服務(wù)，可滿足多種檢測(cè)需求。3單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序10例11500元/例利用生物信息學(xué)對(duì)單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組展開數(shù)據(jù)分析，獲得單細(xì)胞的基因表達(dá)譜和膜表面蛋白表達(dá)信息，對(duì)細(xì)胞亞群進(jìn)行聚類、信號(hào)通路富集分析等。4靶向代謝組學(xué)和蛋白組學(xué)測(cè)序190例500元/例提供蛋白處理標(biāo)準(zhǔn)規(guī)程、蛋白數(shù)量匯總、差異蛋白、蛋白富集信號(hào)通路的標(biāo)準(zhǔn)檢測(cè)報(bào)告。二、商務(wù)要求（一）服務(wù)期限和地點(diǎn)：1服務(wù)期限：自合同簽訂生效后1年。2服務(wù)地點(diǎn)：采購(gòu)人指定地點(diǎn)（二）付款條件（進(jìn)度和方式）：詳見第六章《擬簽訂的合同文本》。（三）售后服務(wù)1投標(biāo)人需提供售后服務(wù)，數(shù)據(jù)返回后將進(jìn)行測(cè)序質(zhì)量的評(píng)估，一旦出現(xiàn)問(wèn)題，投標(biāo)人需保證2小時(shí)內(nèi)做出響應(yīng)，并于24小時(shí)以內(nèi)給予處理辦法。如需返樣，采購(gòu)人會(huì)在項(xiàng)目完成后10天內(nèi)與投標(biāo)人聯(lián)系提出返樣需求，投標(biāo)人在收到采購(gòu)人返樣需求的10個(gè)工作日內(nèi)將樣品返還。三、技術(shù)要求（一）基本要求1采購(gòu)標(biāo)的需實(shí)現(xiàn)的功能或者目標(biāo)11投標(biāo)人應(yīng)根據(jù)招標(biāo)文件所提出的服務(wù)要求，以優(yōu)良的服務(wù)和優(yōu)惠的價(jià)格，充分顯示自己的競(jìng)爭(zhēng)實(shí)力。2需執(zhí)行的國(guó)家相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)、行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)、地方標(biāo)準(zhǔn)或者其他標(biāo)準(zhǔn)、規(guī)范：投標(biāo)人所提供的服務(wù)應(yīng)符合國(guó)家有關(guān)部門規(guī)定的相應(yīng)技術(shù)法規(guī)及標(biāo)準(zhǔn)要求。（二）服務(wù)內(nèi)容及要求標(biāo)的名稱1：空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序1實(shí)驗(yàn)平臺(tái)：空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)。2主要儀器設(shè)備：熒光定量PCR儀、生物分析儀、樣品混勻儀、PCR擴(kuò)增儀、空間轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)3實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為65×65mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcodedspots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)唯一的barcode序列組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定數(shù)據(jù)的空間位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。4實(shí)驗(yàn)方法：41樣品準(zhǔn)備與質(zhì)控：將新鮮組織放在預(yù)冷的組織緩沖液、PBS等液體中清洗兩到三次，去除表面雜質(zhì)，清洗后需用無(wú)菌無(wú)紡布/無(wú)菌無(wú)塵紙擦干表面液體，立即進(jìn)行OCT包埋或組織速凍，使組織的形態(tài)保持完整，并使RNA保持完整性和可靠性；對(duì)包埋后的樣本進(jìn)行切片，HE染色鑒定組織形態(tài)和RNA降解情況，當(dāng)組織形態(tài)完整且RIN≥4時(shí)，可進(jìn)行空轉(zhuǎn)檢測(cè)；42組織切片與染色、透化、轉(zhuǎn)移、反轉(zhuǎn)錄和建庫(kù)：對(duì)于Visium技術(shù)，冷凍切取8μm的切片貼到載玻片上，使用標(biāo)準(zhǔn)的固定和染色技術(shù)，包括蘇木精和伊紅（H&E）染色，使用明場(chǎng)顯微鏡掃描載玻片上的組織切片；使用VisiumCytAssist將FFPE組織切片上的轉(zhuǎn)錄組分析物從組織載玻片轉(zhuǎn)移到Visium芯片上,實(shí)現(xiàn)組織轉(zhuǎn)錄組的原位轉(zhuǎn)移并被芯片上的Barcode標(biāo)記通過(guò)反轉(zhuǎn)錄、建庫(kù)、測(cè)序和生信分析，確定組織原位的mRNA表達(dá)，實(shí)現(xiàn)組織的空間轉(zhuǎn)錄組檢測(cè)43上機(jī)測(cè)序：高通量測(cè)序平臺(tái)選擇，Illumina測(cè)序讀長(zhǎng)：通常Illumina平臺(tái)為150bp。測(cè)序深度：不低于30x覆蓋度44數(shù)據(jù)質(zhì)控：測(cè)序飽和度不低于50%，Q30不低于80%45數(shù)據(jù)分析生成報(bào)告：提供組織完整性和RNA質(zhì)量檢測(cè)、文庫(kù)質(zhì)檢報(bào)告，10XspaceRanger矩陣分析報(bào)告標(biāo)的名稱2：空間代謝組學(xué)測(cè)序1實(shí)驗(yàn)平臺(tái)：空間代謝組學(xué)平臺(tái)2儀器設(shè)備：冷凍切片機(jī)、噴涂設(shè)備、光學(xué)顯微鏡、掃描型基質(zhì)輔助激光解吸電離離子源質(zhì)譜成像儀3實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：空間代謝組與16SrDNA測(cè)序整合分析-基于GC-MS、LC-MS、核磁共振等多種技術(shù)手段，可提供多種樣品的靶向和非靶向代謝組學(xué)分析服務(wù)，與16SrDNA測(cè)序服務(wù)，結(jié)合可定制化的生物信息學(xué)分析方法進(jìn)行整合，提供從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、樣品檢測(cè)、數(shù)據(jù)分析一站式代謝組與16SrDNA測(cè)序整合分析服務(wù)，可滿足多種檢測(cè)需求。4實(shí)驗(yàn)方法：41樣品收集和包埋：收集檢測(cè)的組織樣本根據(jù)檢測(cè)類型進(jìn)行修剪，使用5%CMC進(jìn)行包埋。42冷凍切片和光學(xué)拍照：切取厚度為16μm樣品切片，室溫自然晾干，用光學(xué)顯微鏡拍攝光學(xué)圖像。43基質(zhì)噴涂：對(duì)噴涂管路進(jìn)行清洗，按照基質(zhì)為DHB+(30mg/ml)、基質(zhì)流速20μl/min、氮?dú)饬魉?L/min、噴嘴移速8mm/s、噴涂時(shí)長(zhǎng)50min/玻片的參數(shù)進(jìn)行樣本噴涂；44質(zhì)譜成像：將目標(biāo)區(qū)域圈定后，打開質(zhì)譜對(duì)目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行離子化，收集化合物m/z數(shù)據(jù)；45數(shù)據(jù)處理和分析：使用Mirion軟件比對(duì)確定代謝物類型并生成化合物的高分辨率二維質(zhì)譜成像圖。標(biāo)的名稱3：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序1實(shí)驗(yàn)平臺(tái)：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)2儀器設(shè)備：雙人雙面凈化工作臺(tái)、臺(tái)式高速冷凍離心機(jī)、恒溫水浴鍋、單細(xì)胞懸液制備儀、高精天平、制冰機(jī)、恒溫混勻儀、單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)、PCR儀、掌心離心機(jī)、渦旋混勻器3實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是以單個(gè)細(xì)胞作為研究對(duì)象分析單細(xì)胞內(nèi)基因表達(dá)和膜表面蛋白表達(dá)情況的方法，其通過(guò)Barcoded磁珠捕獲單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄本后或膜表面蛋白結(jié)合抗體寡核酸序列后進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄、擴(kuò)增建庫(kù)和檢測(cè)，利用生物信息學(xué)對(duì)單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組展開數(shù)據(jù)分析，獲得單細(xì)胞的基因表達(dá)譜和膜表面蛋白表達(dá)信息，對(duì)細(xì)胞亞群進(jìn)行聚類、信號(hào)通路富集分析等。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)實(shí)現(xiàn)了對(duì)單個(gè)細(xì)胞基因表達(dá)差異的分析，可以在單細(xì)胞分辨率下，從數(shù)萬(wàn)個(gè)細(xì)胞中收集特定細(xì)胞的表達(dá)信息，分析單細(xì)胞個(gè)體的異質(zhì)性，是探究疾病機(jī)制的新研究手段。4實(shí)驗(yàn)方法：41樣本采集與單細(xì)胞制備：將新鮮采集的組織樣本，經(jīng)生理鹽水沖洗后立即放到組織保存液中轉(zhuǎn)運(yùn)至實(shí)驗(yàn)室，采用組織專用解離液和瑞沃德組織解離配套相應(yīng)的解離程序?qū)⒔M織解離為單細(xì)胞懸液；對(duì)單細(xì)胞懸液經(jīng)Calcein-AM和Draq7染色后進(jìn)行細(xì)胞計(jì)數(shù)和活率檢測(cè)，細(xì)胞活率到達(dá)80%以上進(jìn)行單細(xì)胞分離捕獲。42單細(xì)胞分離捕獲：將細(xì)胞稀釋至500-1000個(gè)/微升，使用電動(dòng)移液槍加入到活化微孔板中，細(xì)胞自由落孔完成單細(xì)胞的沉降分析，細(xì)胞沉降后芯片中加入60萬(wàn)Barcode標(biāo)記的磁珠，充分標(biāo)記細(xì)胞；43細(xì)胞裂解與反轉(zhuǎn)錄：將芯片中加入裂解液，細(xì)胞裂解釋放的轉(zhuǎn)錄組被Barcode標(biāo)記磁珠充分捕獲，使用反轉(zhuǎn)錄酶完成mRNA到反轉(zhuǎn)錄成cDNA。44轉(zhuǎn)錄組建庫(kù)：使用試劑盒中隨機(jī)引物結(jié)合與延伸cDNA，對(duì)得到的PCR產(chǎn)物進(jìn)行純化，消除短片段及引物二聚體，保留目的片段；根據(jù)捕獲的細(xì)胞數(shù)，進(jìn)行PCR擴(kuò)增富集文庫(kù)，并添加測(cè)序接頭，將得到的PCR產(chǎn)物進(jìn)行純化后，即為WTA文庫(kù)。45文庫(kù)測(cè)序：選擇Illumina平臺(tái)/DNBSEQ-T7平臺(tái)按照PE150進(jìn)行雙端文庫(kù)測(cè)序，測(cè)序要求飽和度不低于80%，細(xì)胞有效reads數(shù)不低于60%。46數(shù)據(jù)分析與報(bào)告：?jiǎn)渭?xì)胞計(jì)數(shù)與活率報(bào)告，含捕獲細(xì)胞數(shù)、Q30、有效細(xì)胞reads數(shù)占比的單細(xì)胞矩陣分析報(bào)告。標(biāo)的名稱4：靶向代謝組學(xué)和蛋白組學(xué)測(cè)序1實(shí)驗(yàn)平臺(tái)：代謝組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)檢測(cè)平臺(tái)2儀器設(shè)備：臺(tái)式高速冷凍離心機(jī)、恒溫混勻儀、超聲波清洗器、組織裂解