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附件1微生物檢驗(yàn)科致病菌識(shí)別網(wǎng)/食品安全風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測項(xiàng)目基因測序明細(xì)表序號(hào)名稱技術(shù)參數(shù)數(shù)量單位參考單價(jià)合計(jì)備注1致病菌識(shí)別網(wǎng)臨床傳染病發(fā)生和傳播的風(fēng)險(xiǎn)因素監(jiān)測樣本分離菌株全基因組測序及數(shù)據(jù)處理分析儀1文庫構(gòu)建：構(gòu)建好的文庫進(jìn)行質(zhì)量和產(chǎn)量檢測。2測序策略及質(zhì)控：PE150及以上高通量測序；原始數(shù)據(jù)量（堿基數(shù)）≥3G；Q20高質(zhì)量數(shù)據(jù)（Clean?data）≥25G；基因組覆蓋度≥98%，基因區(qū)覆蓋度≥99%，整體覆蓋深度≥500×，堿基數(shù)據(jù)質(zhì)量值Q30比例≥95%。3?組裝結(jié)果：SCAFFOLD數(shù)量<10個(gè)，Contig數(shù)量<20個(gè)，單堿基錯(cuò)誤率低于十萬分之一。對(duì)測序結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)組裝，基因預(yù)測，基因注釋，核心基因組分析，聚類溯源，分子流行病學(xué)特征等系統(tǒng)分析，均出具正式測序分析報(bào)告。4數(shù)據(jù)處理：原始數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)產(chǎn)出以及數(shù)據(jù)質(zhì)控處理，去除接頭和低質(zhì)量read。5初級(jí)組裝及評(píng)價(jià)：質(zhì)控統(tǒng)計(jì)（GC-depth分析）、非一致序列（k-mer分析）、NT庫比對(duì)（存在非一致序列）、contig?覆蓋度分析；組裝結(jié)果評(píng)價(jià)。6基因預(yù)測及注釋：包括NCBINT,NR,Swissprot，蛋白家族分類COG，Kegg代謝途徑注釋，非編碼基因rRNA、tRNA預(yù)測、重復(fù)序列預(yù)測、前噬菌體預(yù)測。7比較基因組分析：參考基因組同源性進(jìn)行核心基因組組分析、SNP分析、物種進(jìn)化（系統(tǒng)發(fā)育樹，進(jìn)化選擇壓力）。8特定功能元件特征挖掘，毒力基因分析、耐藥基因的數(shù)據(jù)挖掘、CARD、ARG抗性基因及IS區(qū)域查找確定耐藥島和毒力島。質(zhì)粒查找并畫圖。核心基因組cgMLST分型分析、MLST分型分析,搭建cgMLST數(shù)據(jù)庫，cgMLST數(shù)據(jù)庫覆蓋不少于100個(gè)種（species,不包含亞種）的schema。9基因組可視化分析：針對(duì)測序樣品的組裝基因組序列，結(jié)合編碼基因的預(yù)測和注釋等結(jié)果，使用Circos軟件對(duì)樣品基因組進(jìn)行展示，質(zhì)粒分析，畫質(zhì)粒圖。10測序菌株溯源傳播關(guān)系分析，根據(jù)菌株見SNP變化差異確定爆發(fā)流行株菌之間的傳播關(guān)系，制作傳播路線圖。11增加公共數(shù)據(jù)庫發(fā)布的至少100個(gè)基因組數(shù)據(jù)作為參考序列做以上所有分析。12不限次數(shù)定制生物信息分析和高水平文章圖表的制作，不限次數(shù)修改文章圖表，不限次數(shù)根據(jù)需求調(diào)整生物信息分析方法和參數(shù)重新分析，提供有關(guān)分析方法和所使用參數(shù)的具體文字描述。13測序和分析符合2024年國家食品污染和有害因素風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測工作手冊(cè)(下卷)程序要求。14服務(wù)承諾要求和產(chǎn)權(quán)要求：外委檢測的費(fèi)用按實(shí)報(bào)實(shí)銷支付；在本項(xiàng)目所產(chǎn)生的技術(shù)成果（包括菌株信息、菌株數(shù)據(jù)、分析結(jié)果、技術(shù)訣竅、秘密信息、技術(shù)資料和文件等）的全部知識(shí)產(chǎn)權(quán)歸阿拉善盟疾病預(yù)防控制中心所有；檢測結(jié)果反饋時(shí)間：應(yīng)在接收到檢測樣本起1個(gè)月內(nèi)反饋檢測結(jié)果。20株835167002致病菌識(shí)別網(wǎng)臨床傳染病發(fā)生和傳播的風(fēng)險(xiǎn)因素監(jiān)測樣本宏基因組建庫測序及分析1委托方將送檢樣本（痰液、糞便、血液等樣本）提供給檢測方，檢測方提取樣本中DNA進(jìn)行宏基因組建庫測序。2需使用PE150及以上高通量測序。3宏基因組測序要求：每個(gè)樣品測序產(chǎn)生的原始下機(jī)數(shù)據(jù)量≥10G；原始數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估，應(yīng)用Fastq、SOAPnuke或Trimmomatic移除低質(zhì)量的末端堿基(Q<0)、含N的讀段(>10%)、過短的讀序(<50bp或<50%的原長)和人工接頭；移除低質(zhì)量序列、去除環(huán)境DNA序列：應(yīng)用Bowtie2或BWA移除非微生物的環(huán)境序列。4宏基因組分析內(nèi)容：分析包含公共數(shù)據(jù)庫所有的細(xì)菌，真菌，病毒，寄生蟲；鑒定出樣本相關(guān)的臨床重要病原微生物，并出具報(bào)告解讀（非冗余基因集構(gòu)建與豐度計(jì)算、物種與功能注釋、物種與功能組成分析、物種與功能比較分析、物種與功能差異分析等）；病原相關(guān)的參比數(shù)據(jù)庫不少于1000個(gè)種（species，不包括亞種），不少于1200萬條參考基因組；細(xì)菌不少于480種（species，不包括亞種），真菌不少于330種（species，不包括亞種），病毒不少于220種（species，不包括亞種），寄生蟲不少于155種（species，不包括亞種）。5測序和分析符合2024年國家致病菌識(shí)別網(wǎng)宏基因組測序及分析項(xiàng)目和致病菌識(shí)別網(wǎng)臨床傳染病發(fā)生和傳播的風(fēng)險(xiǎn)因素監(jiān)測要求。6可對(duì)主流的二代測序平臺(tái)（Illumina、華大等）和三代測序平臺(tái)產(chǎn)生的細(xì)菌性基因測序結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。至少覆蓋霍亂弧菌、布魯氏菌、炭疽芽孢桿菌、腦膜炎奈瑟菌、沙門菌屬；包括數(shù)據(jù)質(zhì)控分析、基因組拼接、物種鑒定、分型分析、耐藥和毒力基因鑒定分析和基因組注釋。＊7本地化數(shù)據(jù)與國家致病菌識(shí)別網(wǎng)數(shù)據(jù)無縫對(duì)接：樣本、菌株、實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)按致病菌識(shí)別網(wǎng)標(biāo)準(zhǔn)加密數(shù)據(jù)無縫對(duì)接；基因組數(shù)據(jù)按致病菌識(shí)別網(wǎng)標(biāo)準(zhǔn)拼接分析，并按致病識(shí)別網(wǎng)加密方式實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)上報(bào)致病菌識(shí)別網(wǎng)。8服務(wù)承諾要求和產(chǎn)權(quán)要求：外委檢測的費(fèi)用按實(shí)報(bào)實(shí)銷支付；在本項(xiàng)目所產(chǎn)生的技術(shù)成果（包括菌株信息、菌株數(shù)據(jù)、分析結(jié)果、技術(shù)訣竅、秘密信息、技術(shù)資料和文件等）的全部知識(shí)產(chǎn)權(quán)歸阿拉善盟疾病預(yù)防控制中心所有；檢測結(jié)果反饋時(shí)間：接收到檢測樣本起1個(gè)月內(nèi)反饋檢測結(jié)果。40份1500600003食品安全風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測分離菌株全基因組測序及數(shù)據(jù)處理分析1文庫構(gòu)建：構(gòu)建好的文庫進(jìn)行質(zhì)量和產(chǎn)量檢測。2測序策略及質(zhì)控：PE150及以上高通量測序；原始數(shù)據(jù)量（堿基數(shù)）≥3G；Q20高質(zhì)量數(shù)據(jù)（Clean?data）≥25G；基因組覆蓋度≥98%，基因區(qū)覆蓋度≥99%，整體覆蓋深度≥500×，堿基數(shù)據(jù)質(zhì)量值Q30比例≥95%。3?組裝結(jié)果：SCAFFOLD數(shù)量<10個(gè)，Contig數(shù)量<20個(gè)，單堿基錯(cuò)誤率低于十萬分之一。對(duì)測序結(jié)果進(jìn)行數(shù)據(jù)組裝，基因預(yù)測，基因注釋，核心基因組分析，聚類溯源，分子流行病學(xué)特征等系統(tǒng)分析，均出具正式測序分析報(bào)告。4數(shù)據(jù)處理：原始數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)產(chǎn)出以及數(shù)據(jù)質(zhì)控處理，去除接頭和低質(zhì)量read。5初級(jí)組裝及評(píng)價(jià)：質(zhì)控統(tǒng)計(jì)（GC-depth分析）、非一致序列（k-mer分析）、NT庫比對(duì)（存在非一致序列）、contig?覆蓋度分析；組裝結(jié)果評(píng)價(jià)。6基因預(yù)測及注釋：包括NCBINT,NR,Swissprot，蛋白家族分類COG，Kegg代謝途徑注釋，非編碼基因rRNA、tRNA預(yù)測、重復(fù)序列預(yù)測、前噬菌體預(yù)測。7比較基因組分析：參考基因組同源性進(jìn)行核心基因組組分析、SNP分析、物種進(jìn)化（系統(tǒng)發(fā)育樹，進(jìn)化選擇壓力）。8特定功能元件特征挖掘，毒力基因分析、耐藥基因的數(shù)據(jù)挖掘、CARD、ARG抗性基因及IS區(qū)域查找確定耐藥島和毒力島。質(zhì)粒查找并畫圖。核心基因組cgMLST分型分析、MLST分型分析,搭建cgMLST數(shù)據(jù)庫，cgMLST數(shù)據(jù)庫覆蓋不少于100個(gè)種（species,不包含亞種）的schema。9基因組可視化分析：針對(duì)測序樣品的組裝基因組序列，結(jié)合編碼基因的預(yù)測和注釋等結(jié)果，使用Circos軟件對(duì)樣品基因組進(jìn)行展示，質(zhì)粒分析，畫質(zhì)粒圖。10測序菌株溯源傳播關(guān)系分析，根據(jù)菌株見SNP變化差異確定爆發(fā)流行株菌之間的傳播關(guān)系，制作傳播路線圖。11增加公共數(shù)據(jù)庫發(fā)布的至少100個(gè)基因組數(shù)據(jù)作為參考序列做以上所有分析。12不限次數(shù)定制生物信息分析和高水平文章圖表的制作，不限次數(shù)修改文章圖表，不限次數(shù)根據(jù)需求調(diào)整生物信息分析方法和參數(shù)重新分析，提供有關(guān)分析方法和所使用參數(shù)的具體文字描述。13測序和分析符合2024年國家食品污染和有害因素風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測工作手冊(cè)(下卷)程序要求。14服務(wù)承諾要求和產(chǎn)權(quán)要求：外委檢測的費(fèi)用按實(shí)報(bào)實(shí)銷支付；在本項(xiàng)目所產(chǎn)生的技術(shù)成果（包括菌株信息、菌株數(shù)據(jù)、分析結(jié)果、技術(shù)訣竅、秘密信息、技術(shù)資料和文件等）的全部知識(shí)產(chǎn)權(quán)歸阿拉善盟疾病預(yù)防控制中心所有；檢測結(jié)果反饋時(shí)間：應(yīng)在接收到檢測樣本起1個(gè)月內(nèi)反饋檢測結(jié)果，并按要求協(xié)助上報(bào)相關(guān)數(shù)據(jù)。17株90015300合計(jì)92000元標(biāo)＊項(xiàng)為實(shí)質(zhì)性參數(shù)必須滿足，如不滿足則報(bào)價(jià)無效