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復旦大學附屬腫瘤醫(yī)院院內(nèi)基因檢測專家小組1/2附件1項目序號1的具體需求參數(shù)一、項目內(nèi)容乙方提供對15個小鼠胰腺癌原位瘤樣本進行10xGenomics細胞轉(zhuǎn)錄組測序的技術服務，包括但不限于以下內(nèi)容：對樣本組織進行細胞解離，利用IlluminaNovaSeqXPlus平臺完成文庫的測序，數(shù)據(jù)質(zhì)量Q30＞85%，測序模式為PE150，總數(shù)據(jù)量不低于100Grawdata，完成原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計與質(zhì)量評估、CellRanger數(shù)據(jù)統(tǒng)計。擁有Illumina平臺實驗能力，能夠獨立完成單細胞轉(zhuǎn)錄組測序及數(shù)據(jù)分析工作，樣本質(zhì)檢合格后，20天完成10XGenomics單細胞轉(zhuǎn)錄組測序工作。二、服務時間要求：1項目周期須在樣本質(zhì)檢合格后20天內(nèi)完成。2對需要返還的剩余樣本，須一個月內(nèi)安排寄送返還。三、服務內(nèi)容需求1為保證樣品的質(zhì)量，須供應商安排冷鏈運輸，并承擔樣品運輸費用。2為保障項目穩(wěn)定進行，檢測項目檢測要求如下：21組織解離要求：細胞活性＞85%(如抽取細胞核，該指標＜5%)，結團率＜10%，細胞濃度范圍為700~1200cells/μL，細胞直徑范圍＜40μm，有核率＞70%。22構建Illumina測序文庫，使用IlluminaNovaSeqXPlus儀器進行PE150雙端測序。23每個檢測樣本的數(shù)據(jù)量不低于100G，Q30＞85％，測序數(shù)據(jù)基因組比對率≥85%，細胞平均reads＞20k。24數(shù)據(jù)產(chǎn)出與交付：上機完成后按照標準流程進行原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計與質(zhì)量評估、CellRanger數(shù)據(jù)統(tǒng)計，以云盤或硬盤形式對產(chǎn)出數(shù)據(jù)及相關附屬文件進行交付。四、服務周期此項目的服務周期需保證不少于1年，需保證1年內(nèi)的樣品保存，以及至少12個月的數(shù)據(jù)保存。五、主要設備要求儀器平臺：包括10xGenomics單細胞捕獲測序平臺、CountstarRigelS2智能細胞分析儀、IlluminaNovaSeqXPlus測序儀。復旦大學附屬腫瘤醫(yī)院院內(nèi)基因檢測專家小組2/2要求供應商可提供上海本地實驗或上門實驗服務（供應商須提供承諾函）。六、其他服務要求（如服務團隊、安裝調(diào)試、技術支持、培訓等）1供應商需具有固定的實驗室與具備一定的科研能力，以保證能夠及時準確的完成產(chǎn)出拆分與解決實驗中遇到的問題。2供應商需遵守樣品、實驗數(shù)據(jù)信息以及項目相關資料的保密義務，不得將相關數(shù)據(jù)泄露給第三方。保密期限根據(jù)項目需求設定。3本項目涉及樣本制備、文庫構建、上機測序等環(huán)節(jié)，另外還有項目前期溝通中的實驗方案設計、項目后期的文章寫作指導及審稿意見回復等，均需具備分子生物學、生物信息學等專業(yè)知識，學歷（如碩士/博士）可間接證明人員系統(tǒng)學習過相關領域知識。要求供應商擬投入本項目配備人員具備博士學位、碩士學位人數(shù)不少于6人（供應商須提供承諾函）。4供應商具有規(guī)?；目蒲谐晒D(zhuǎn)化服務能力，在2024年服務客戶發(fā)表文章不少于4000篇，2023年至今有發(fā)過相關單細胞轉(zhuǎn)錄組10分以上的SCI論文。七、驗收標準符合技術要求和服務要求中所規(guī)定的各項內(nèi)容，提供的芯片數(shù)據(jù)質(zhì)量等全部達到約定標準，并得到需求方確認。