附件:腫瘤DIA蛋白組學(xué)與FFPE轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序服務(wù)報價表單位:元項目名稱測序平臺樣本數(shù)量單價合計蛋白組學(xué)DIAThermoFisherOrbitrap180例FFPE轉(zhuǎn)錄組學(xué)Illumina180例技術(shù)要求:(一)ThermoFisherOrbitrapEclipse質(zhì)譜平臺蛋白分析與鑒定:1質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn):質(zhì)譜儀器每兩天自動校正一次并采集標(biāo)準(zhǔn)品來評價儀器穩(wěn)定性,QC樣本的定量重現(xiàn)性(CV)應(yīng)<20%。對于采集的樣品數(shù)據(jù),樣本中缺失值比例應(yīng)<20%,肽段鑒定FDR(假陽性率)≤1%。2儀器平臺:ThermoFisherOrbitrapEclipse質(zhì)譜平臺。3標(biāo)準(zhǔn)分析內(nèi)容:31蛋白質(zhì)鑒定與統(tǒng)計分析。32篩選差異蛋白質(zhì):ANOVA分析、PCA分析、PCA-DA分析,聚類和降維分析、HCA分析。33差異蛋白質(zhì)生物信息學(xué)分析:GO功能分析、KEGG富集通路分析、STRING通路富集。(二)FFPE轉(zhuǎn)錄組測序:1質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn):FFPE樣本切片;切片厚度控制在4-6μm;10張切片;DV200≥20%。2儀器平臺:Illuminanovaseq測序平臺,測序策略為PE150。Qsep400核酸蛋白分析系統(tǒng)3測序質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn):Q20≥90%,Q30≥85%,堿基類型分布均勻,無GC分離。平均樣本數(shù)據(jù)量≥10Grawdata。4標(biāo)準(zhǔn)分析內(nèi)容:41測序數(shù)據(jù)質(zhì)控42數(shù)據(jù)比對與數(shù)據(jù)過濾。43Seurat分析、篩選高變異基因、PCA主成分分析、聚類和降維分析(UMAP和TSNE)。44差異基因表達分析:GO功能富集分析、KEGG通路富集分析、HallMark通路分析、轉(zhuǎn)錄因子分析、GSEA富集分析,GSVA富集分析。
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